衍射光路是该显微镜的组成核心,主要包括x射线探针生成系统,多维样品扫描台系统和同轴显微镜系统,其中探针模块的主要作用是,生成扫描相干x射线衍射成像所需要的探针光斑,主要包括硬x射线波带片,直通光挡板和级选光阑。该成像显微镜的多维样品扫描台系统,通过与腔内同轴显微镜系统进行联用,可实现光斑位置检测和细胞样品的定位。多维样品扫描台系统主要由六维真空位移台和样品架组成。样品载网置于波带片的焦点处,通过使用探针光斑对细胞样品以一定重叠域的扫描,获取每个扫描位置处样品的衍射图样信息,进一步通过旋转样品台,可以实现细胞在一系列角度下衍射信号的采集,进行细胞三维结构成像。